Процесс стерилизации помогает справиться с микроорганизмами, их ферментами, которые провоцируют побурение фруктов, а также спорами. Для того чтобы стерилизация была успешной, требуется воздействие определенной температуры на протяжении некоторого времени на содержимое банки. Для стерилизации компотов требуется более низкая температура, чем для стерилизации овощей. Это связано с тем, что их кислая среда способна снижать устойчивость микроорганизмов к теплу. Режим стерилизации зависит от уровня температуры, скорости нагрева, размеров тары, способа наполнения тары. Например, тепло внутрь тары и её содержимого будет проникать значительно медленнее, если фруктов в ней будет больше, чем сиропа. С увеличением температуры уменьшается длительность процесса стерилизации.

Стерилизация, проведённая с соблюдением всех правил, является гарантом надёжного сохранения продукта. Поэтому не надо в тару добавлять разные химические вещества (салициловую кислоту и т.д.), потому что они оказывают негативное влияние на вкус фруктов.

Проводится стерилизация на водяной бане, то есть тара с фруктами нагревается водой. Реже тару нагревают с помощью пара. Так происходит выпаривание влаги на дне закрытой посуды. Кроме этого, стерилизацию можно проводить горячим воздухом в духовом шкафу. Крышки и банки подвергают стерилизации в горячей воде. Проводится это до закладки фруктов в тару. После укупорки тару переворачивают вверх дном. Чтобы продлить действие высокой температуры банки надо укутать чем-либо тёплым.